Jede Art von Ninja (Akademie ausgenommen) erhält Aufträge, die sog. Missionen. Missionen werden entweder vom Dorf selbst oder von Leuten außerhalb des Dorfes aufgegeben. Der jeweilige Kage teilt den Missionen dann einen Ninja oder sogar einer ganzen Gruppe von Ninjas zu.
Die Sorten der Missionen gehen über Attentate über Leibwachen bis hin zu einfachsten Arbeiten wie Handwerken oder Putzen. Daher werden Missionen in verschiedene Gruppen von A bis D unterteilt.

A Missionen sind meist Attentate, sie werden ausschließlich von Jounin erledigt

B Missionen sind Leibwachen oder Kundschaften in feindlichem Gebiet , sie werden von Chuunin erledigt, können jedoch auch von einem Jounin angenommen werden

C Missionen sind ebenfalls Leibwachen, jedoch von niedrigerm Niveau als B Missionen, sie können von Chuunin und Gennin gemacht werden

D Missionen sind die einfachsten und primitivsten Mission und sind meist Hilfen beim Putzen, Ernten, Reparieren usw., sie werden ausschließlich von Gennin gemacht

Missionen sind für jedes Dorf sehr wichtig. Durch Missionen von Außerhalb bekommt das Dorf Geld, wenn die Ninjas ihre Mission gut erledigt haben. Der Kage entscheidet, welcher Ninja welche Mission antritt.

Sondermissionen: S Missionen

neben den 4 verschiedenen Missionsleveln gibt es noch die S-Missionen. Auch sie sind neben den A Missionen sehr gefährlich und werden daher nur von ANBU-Einheiten oder dem Hokage selbst erledigt.